2002年11月8日， 《分子植物育种》由国家科技部批准，国家新闻出版署核准。

2003年正式创刊，是由海南省科学技术协会主管，海南省生物工程协会主办，公开发行的双月刊科学期刊。

2015年正式改为月刊，每月28日公开发行。

2018年正式改为半月刊，每月14日和28日公开发行。

2019年，方宣钧博士任本刊主编。