本刊设置固定栏目和随机栏目。固定栏目常设研究论文(Research Article)和研究报告(Re- search Report)，主要发表最新的原始研究成果。随机栏目根据稿源可能设研究评述(A Review)、研究资源(A Resource)、数据分析(Analysis)、技术主题(Techno- logy Feature) 等栏目，还可能设置刊登有关科学新闻、科学简讯、专利、短评、书评等方面的栏目。本刊在栏目设置和文体格式上参照国际著名周刊《自然》及《自然遗传学》的刊发形式。详细的文体格式及其定义参见《分子植物育种论文编写指南》或向编辑部索取。

1、研究亮点(Research Highlight)

　　 简要概述或评论发表在其它植物研究期刊中的有亮点的研究成果。论文篇幅要求在4个印刷页面左右，由编辑部采编。

2、深度观察(Insight)

　　 为了激发人们对分子植物育种领域与主题关联的评论和评述文章汇编的兴趣，促进与广大读者在这些领域重大科学进展的交流，借助世界级权威撰写的博大精深的论文给更多的专业读者提供启迪。论文篇幅要求在4个印刷页面左右，由编辑部采编。

3、研究论文(Research Article)

　　 报道相对比较完整、全面的原始研究工作，其结论代表着一个重要问题的认识上有了实质性进展，并且具有及时而深远的影响。论文篇幅要求在8个印刷页面以上，由作者自由投稿，同行评审。

4、研究报告(Research Report)

　　 简洁报道有重要结果的原始研究工作，其重要性意味着其它领域的科学家对本研究结果也有兴趣。论文篇幅要求在6个印刷页面左右，由作者自由投稿，同行评审。

5、研究资源(A Resource)

　　 是一种对现有数据(如由各种阵列技术或者高通量研究平台所提供的基因组学, 转录组学或蛋白质组学的数据包)进行新的分析，或者描述由比较分析技术得出引起广大读者注意的重要新结论而获得的新数据(包括材料创新, 如遗传群体、代换系和突变库)。论文篇幅要求在6个印刷页面左右，由作者自由投稿，同行评审。

6、数据分析(Analysis)

　　 是不定期的同行评审论文，对现有的数据进行评估和新的分析(通常是大型生物数据库, 如: 基因组, 微陈列和蛋白质组学)，产生一个全新的、令人兴奋和引人瞩目的结论。论文篇幅要求在6个印刷页面左右，由作者自由投稿，同行评审。

7、技术主题(Technology Feature)

　　 主要刊登我国学者在分子植物育种领域自主发明的新思路、新技术和新方法。可分为两类：新技术(updated technology)和技术改进(upgrade technology)。论文篇幅要求在6个印刷页面左右，由作者自由投稿，同行评审。

8、研究评述(A Review)

　　 是对某一研究领域中最新研究进展进行权威的、公平的、学术上的回顾、鉴定和评述。这类文章要求的“公平”不是阻止作者提出独特的见解，而是鼓励当某一研究领域存在争议时，应本着不偏不倚的态度对待。一般要求3 000~4 000字，文章最好有图示或插图。由作者自由投稿，同行评审。

9、研究评论(Commentary)

　　 内容主要围绕与生物技术研究相关的科学、商业、伦理、法律、社会或政治问题等方面，介绍新的概念、新的观点或见解，或对以分子植物育种为背景的公众利益或重要的科学问题提出个人观点。论文篇幅要求1~4个印刷版面。是否需要同行评审由编辑决定。

10、学术争鸣(Perspective)

　　 是一种对重要研究文献资料的学术性评论和讨论的新形式，是一种非常专业性的评注，但又不符合常见综述的标准。正文一般不超过3 000字。由作者自由投稿，同行评审。

11、专题特写(A Feature)

主要围绕分子植物育种领域中技术性和商业性两个方面。这种报道形式意在补充已经在研究层面上发表了的最新的科学发展，同时提供一个讨论法规和商业议题的论坛。文章一般不超过3 000字，最好用图表进行阐述，以新闻格式进行撰写。由作者自由投稿，同行评审。

12、科学新闻(News)

　　 提供一个及时、准确、必要的资料来源和详尽的题材情节，提供对事件有根据的分析，以勾画出科学研究的全貌。论文篇幅要求在2个印刷页面左右，由编辑部采编。

13、商业新闻(Business News)

探索商业对科学研究的影响及科学对商业发展的冲击。论文篇幅要求在2个印刷页面左右，由编辑部采编。