研究报告/Research Report

生物信息学手段鉴定和分析蒺藜苜蓿基因组中水孔蛋白基因家族  

李菲 , 何小红 , 李欲柯 , 乙引 *
贵州师范大学生命科学学院, 贵州省植物生理与发育调控重点实验室, 贵阳, 550025
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 13 篇   
收稿日期: 2017年03月01日    接受日期: 2017年05月29日    发表日期: 2018年08月07日
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推荐引用:

引用格式:Li F., He X.H., Li Y.K., and Yi Y., 2018, Identification and analysis of aquaporins gene family in genomes of Medicago truncatula based on bioinformatic method, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 16(14): 4592-4599 (李菲, 何小红, 李育柯, 乙引, 2018, 生物信息学手段鉴定和分析蒺藜苜蓿基因组中水孔蛋白基因家族, 分子植物育种, 16(14): 4592-4599)

摘 要

植物水孔蛋白不仅调控水分运输,同时还可以在植物细胞间传递气体如 CO2,和营养物质如硼(B)、硅(Si 和活性氧(ROS)),是多功能的蛋白质。植物水孔蛋白的功能对于植物生长和非生物胁迫的反应也起到重要的作用。对蒺藜苜蓿基因组序列进行检索和筛选,共鉴定出 46 个水孔蛋白基因。蒺藜苜蓿水孔蛋白基因大小较为集中均一(绝大多数由 200~400 个氨基酸编码)。等电点的分布则较为分散,从最小 pH 4.80 (Medtr5g-012810.1)到最大 pH 9.83 (Medtr4g049340.1),均有分布,并无明显的集群特征。蒺藜苜蓿水孔蛋白基因的结构较为一致(2~4 个内含子)。结合染色体定位和系统进化分析,蒺藜苜蓿二号染色体上同一位点的两对基因,分别是 Medtr2g017570.1 Medtr2g017610.1Medtr2g017590.1 Medtr2g017620.1,基因序列几乎完全一致。应该是由于基因扩增产生的。而 Medtr2g017590.1 Medtr2g017620.1 两个基因的表达模式,虽然有差别,但
是聚集在一个表达模式聚类分枝上。这两个基因功能上的相互关系,很值得进一步的研究。

关键词
蒺藜苜蓿;水孔蛋白;系统进化;抗逆
《分子植物育种》印刷版
• 第 16 卷
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