王晓歌 , 阴祖军 , 王俊娟 , 王德龙 , 樊伟丽 , 王帅 , 叶武威^*

中国农业科学院棉花研究所, 农业部棉花遗传改良重点开放实验室, 棉花生物学国家重点实验室, 安阳, 455000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2016 年, 第 14卷, 第 19 篇   
收稿日期: 2015年12月20日    接受日期: 2016年01月10日

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为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP，本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料，从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP，并进行GO和Pathway注释。从对照(ck, c)和处理(salt-treated, s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个，其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个，盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现gene^SNPc，gene^SNPs，gene^SNPc-only在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致，而gene^SNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明，gene^SNPc，gene^SNPs，gene^SNPc-only，gene^SNPs-only显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点，qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因，并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。

转录组；SNP检测；GO分析；Pathway分析