研究报告
苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析 
胡莎莎 
,
罗洪 ,
吴琦 ,
姚慧鹏 
,
罗洪 ,
吴琦 ,
姚慧鹏
四川农业大学, 生命科学学院, 雅安, 625014
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2016 年, 第 14卷, 第 14 篇 doi: 10.5376/mpbopa.2016.14.
收稿日期: 2015年11月23日 接受日期: 2016年01月30日 发表日期: 2016年01月28日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2016 年, 第 14卷, 第 14 篇 doi: 10.5376/mpbopa.2016.14.
收稿日期: 2015年11月23日 接受日期: 2016年01月30日 发表日期: 2016年01月28日
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摘 要
本研究应用Codonw、CHIP、CUSP和SPSS软件对苦荞叶绿体基因组中38条蛋白质编码基因序列进行了偏爱性分析以及多元统计分析，获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值，并与大肠杆菌、酵母、拟南芥以及水稻进行了对比分析。结果显示，苦荞叶绿体基因组基因密码子GC3含量明显低于GC2、GC1含量，表现出密码子对AT碱基结尾的偏爱性。中性绘图分析和ENC绘图分析表明苦荞叶绿体基因组的密码子偏爱性主要受选择的影响；通过和4种生物的密码子使用频率比较，发现其与大肠杆菌、水稻的密码子使用模式偏差较大，但与拟南芥、酵母的密码子使用模式相差较小，在此基础上确定了17种最优密码子。本研究分析结果对指导苦荞叶绿体基因进行分子改造，遗传转化，提高外源基因在苦荞的表达效率、新基因预测的准确性等基因工程问题具有一定的意义。
关键词
苦荞叶绿体； 密码子偏爱性；GC；ENC；RSCU；最优密码子
