研究报告/Research Report

萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装  

段乃彬 , 王俊峰 , 白静 , 谢坤 , 王效睦
山东省农业科学院农作物种质资源中心,山东济南,250101
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2015年09月22日    接受日期: 2015年10月10日    发表日期: 2015年11月10日
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摘 要

为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2G。通过数据过滤、计算了测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153352-153445bp之间,线粒体基因组长度在239 696-258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列。基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个tRNA基因及4个rRNA 基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个tRNA 基因,3个rRNA基因。

 

关键词
萝卜;线粒体;叶绿体;基因组;测序与组装;Kmer分析
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《分子植物育种》印刷版
• 第 13 卷
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