陶鹏 , 钟新民 , 李必元 , 王五宏 , 岳智臣 , 雷娟利

浙江省农业科学院蔬菜研究所, 杭州, 310021
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 24 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.001623
收稿日期: 2015年02月04日    接受日期: 2015年03月06日    发表日期: 2015年05月20日

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推荐引用：

Tao P., Zhong X.M., Li B.Y., Wang W.H., Yue Z.C., and Lei J.L., 2015, Identification and analysis of SOM gene of brassicaceae, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 13(7): 1623-1630 (陶鹏, 钟新民, 李必元, 王五宏, 岳智臣, 雷娟利 , 2015, 十字花科植物SOM基因的鉴定及分析, 分子植物育种, 13(7): 1623-1630)

SOMNUS (SOM)基因编码一个CCCH型锌指蛋白，是PHYTOCHROME INTERACTING FACTO-
R3-LIKE5 (PIL5)下游的关键负调控因子，参与调控种子的萌发。本研究从十字花科12个物种的全基因组数据库中鉴定了17个SOM基因，其中芸薹属物种白菜、甘蓝和甘蓝型油菜中均包含2个及以上的SOM基因。预测这17个SOM蛋白的等电点和分子量，结果显示LaSOM蛋白明显不同于其他的SOM蛋白。氨基酸序列比对显示LaSOM蛋白缺失了部分氨基酸序列，但所有的SOM蛋白均包含保守的3个锌指基序，其中2个CCCH型的锌指基序。对这些SOM基因的组织结构进行分析，结果显示：只有LaSOM基因存在一个内含子，其他SOM基因均没有内含子，暗示LaSOM基因在进化过程中获得了内含子，并导致LaSOM蛋白缺失部分序列。启动子分析显示每个SOM基因起始密码子上游1 000 bp的启动子中至少有2个E-box元件。白菜RNA-seq数据显示BrSOM1在根、茎、叶、花和角果中均不表达，仅在胚胎发育阶段的早期子叶胚和成熟胚中有表达。而BrSOM2在根、茎、叶和花中均有表达，BrSOM2在胚胎发育阶段中的表达类似于BrSOM1，只是在表达水平上比BrSOM1低。研究结果可为深入研究SOM基因奠定基础。

十字花科；SOM；启动子；进化；基因表达