耿晓姗 , 贾魏 , 陈佳宁 , 何彩芳 , 朱宇林 , 刘秦

玉林师范学院生物与制药学院, 玉林, 537000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 13 篇   
收稿日期: 2020年11月24日    接受日期: 2020年12月09日    发表日期: 2023年01月29日

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为揭示金花茶叶绿体基因组的密码子偏好性和相关指标变化，探讨适合金花茶叶绿体基因组表达的最佳密码子，本研究利用 R 语言和 Codon W、Microsoft 等软件，对金花茶叶绿体基因组中 52 个编码基因(coding sequence, CDS)的密码子使用模式进行了研究。结果表明，在金花茶叶绿体基因组中，同义密码子的使用偏好以 A/U结尾，特别是以U 结尾；有效密码子数(effective number of codon, ENC)均大于 35，属于弱偏好性；密码子第3位的碱基组成同第1 位和第 2 位存在显著差别，密码子第3 位核苷酸的组成对密码子使用偏好性的影响较之其他位点更为重要；除自然选择之外，密码子偏好性还受到突变压力和核苷酸组成等因素的影响；共有 16 个密码子被鉴定为金花茶叶绿体基因组最优密码子。本研究为金花茶叶绿体基因组的遗传修饰和系统发育研究提供参考。

金花茶；叶绿体基因组；密码子偏好性；最优密码子