研究报告

油棕 TCP 转录因子家族生物信息学鉴定及基因表达分析  

周丽霞 , 赵志浩 , 杨蒙迪 , 曹红星 , 杨耀东*
中国热带农业科学院椰子研究所, 海南省热带油料作物生物学重点实验室, 文昌, 571339
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 9 篇   
收稿日期: 2021年11月23日    接受日期: 2021年12月03日    发表日期: 2023年04月17日
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摘 要

TCP 基因作为植物所特有的转录因子家族,广泛参与调控植物的生长发育、代谢、信号转导、生理生化刺激响应及逆境应答等多个生物学过程。本研究利用生物信息学研究方法鉴定获得 28 个油棕 TCP 基因家族成员,并对其染色体定位、结构特点、motif、聚类分析及组织表达特异性进行分析。结果表明:共有 27个基因在油棕的 14 条染色体上呈不均匀分布;EgTCP 基因的长度均相对较短,其中 14 个基因只有 1 个外显子,EgTCP11 基因含外显子个数最多(5 );序列分析表明油棕 TCP 基因均含有高度保守的 bHLH 结构域,启动子上存在较多的植物激素响应及逆境应答等顺式作用元件;系统进化分析显示 28 个油棕 TCP 蛋白被划分为 Class(13 个蛋白)Class(15 个蛋白)两大类,其中 ClassⅡ进一步分为 CYC/TB1 (4 个蛋白)CIN (11 个蛋白)两个亚类;通过表达模式分析发现花中特异表达的 TCP 基因数量最多(EgTCP05, EgTCP09EgTCP15, EgTCP27 EgTCP28)EgTCP27 基因在中果皮中的表达量逐渐上调,到花后 23 周时表达量升至最大。本研究为进一步探索油棕 TCP 基因的生物调控功能提供一定的理论基础。

关键词
油棕;TCP 转录因子;全基因组鉴定;表达分析
《分子植物育种》印刷版
• 第 20 卷
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