杜磊^1,2 , 蒙秋伊² , 尚昆² , 李秀诗² , 杨玲玲² , 付瑜华^2*

1 贵州大学农学院, 贵阳, 550025; 2 贵州省农业科学院, 贵州省亚热带作物研究所, 兴义, 562400
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 25 篇   
收稿日期: 2021年10月20日    接受日期: 2021年10月29日    发表日期: 2022年08月03日

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为开发高效的薏苡分子标记，加速薏苡种质资源评价和分子育种进程，本研究以贵州地方品种‘小白壳’全基因组序列为基础，在薏苡基因组序列上识别出 7 872 192 个 SSR 位点，平均 0.2 kb 出现一个 SSR位点。其中，单核苷酸为主要重复类型，占总 SSR 的 98.42%，其次为三核苷酸和二核苷酸，分别占总 SSR 的0.76%和 0.74%。6 种核苷酸基元的重复次数主要在 5~6 次，所占比例分别为 74.27%和 15.17%。以三核苷酸重复基元为对象，随机选择均匀分布在薏苡基因组的 200 个 SSR 位点，利用毛细管电泳技术在 9 个不同类型薏苡材料中对 SSR 标记的有效性进行检测。结果表明，173 对引物有扩增产物，47 对引物能够获得清晰的目的条带且具有多态性，有效引物率为 23.5%。每对引物平均等位基因数为 3.3，PIC 值为 0.20~0.84，平均为0.60。本研究结果表明薏苡全基因组 SSR 标记数量丰富，类型多样，开发的具有多态性的标记为薏苡种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种提供了有力工具。

薏苡(Coix lacryma-jobi)；全基因组序列；SSR；分子标记开发