杨洋¹ , 马君² , 李波¹ , 胡文冉¹ , 王玉晶¹ , 范玲¹

1新疆农业科学院核技术生物技术研究所, 乌鲁木齐, 830091;
2新疆农业科学院经济作物研究所, 乌鲁木齐, 830091
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 10 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.001265
收稿日期: 2014年12月02日    接受日期: 2015年01月12日    发表日期: 2015年03月23日

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推荐引用：

Yang Y., Ma J., Li B., Hu W.R., Wang Y.J, and Fan L., 2015, Genetic diversity, population structure, and linkage disequilibrium of introduced cotton (Gossypium hirsutum) germplasms, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding)，13(6): 1259-1264 (杨洋，马君，李波，胡文冉，王玉晶，范玲，2015，引进陆地棉种质材料的遗传多样性、群体结构与连锁不平衡，分子植物育种，13(6): 1259-1264)

本研究利用121个分布于棉花全基因组的SSR标记，对187份国外棉花种质材料和31份新疆本地棉花品种进行遗传多样性、群体遗传结构和连锁不平衡分析。结果表明：218份材料共检测到284个SSR等位变异，等位基因变异数在2~9之间，遗传多样性指数平均为0.402，PIC值平均为0.355。基于STRUCTURE分析，218份材料可被划分为三个亚群(POP-1/2/3)。AMOVA分析表明，14.6%的变异来源于亚群间，85.4%的变异来源于亚群内。连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)分析显示，r²≥0.05 (p<0.01)的条件下，10.18%的SSR位点组合存在显著的LD，整体LD水平不高，共线性位点间存在LD的比例高于非共线性位点，表明位点间的连锁对LD有重要影响。在r²=0.1时(p<0.05)，LD最大遗传距离为34.7 cM，当r²=0.2时，LD最大遗传距离为9 cM。进一步对Chr.3、Chr.11、Chr.23和Chr.24共4个染色体的LD衰减距离进行分析，发现Chr.3和Chr.11具有较高的LD衰减距离。LD分析结果表明本研究群体可用于标记——性状关联分析，并且对单个染色体LD的评估将提供重要的参考。

陆地棉；SSR；遗传多样性；群体结构；连锁不平衡