胡陶¹ , 马艳军¹ , 李雪平¹ , 刘秀丽² , 高健¹

1 国际竹藤中心, 国家林业局竹藤科学与技术重点开放实验室, 北京, 100102;
2 北京林业大学园林学院, 北京, 100083
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2014 年, 第 12卷, 第 30 篇   doi: 10.13271/j.mpb.012.001265
收稿日期: 2014年07月29日    接受日期: 2014年09月02日    发表日期: 2014年10月11日

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推荐引用：

Hu T., Ma Y.J., Li X.P., Liu X.L., and Gao J., 2014, Identification and Evolutionary Study of Full-length LTR-retrotransposons in Moso Bamboo Genome, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 12(6): 1265-1274 (胡陶, 马艳军, 李雪平, 刘秀丽, 高健, 2014, 毛竹全长LTR逆转座子的鉴定和进化分析, 分子植物育种, 12(6): 1265-1274)

转座子和逆转座子的大量插入，是高等植物基因组进化的重要动力。作为植物基因组研究热点的禾本科植物之一，毛竹基因组大小约为2 Gb，60%为重复序列，长末端重复序列型逆转座子(LTR逆转座子)则占全部重复序列的一半以上，然而目前对毛竹基因组中LTR逆转座子及进化情况知之甚少。本研究利用已发表的毛竹基因组序列，首次通过大数据筛查预测获得9 436个平均长度10.3 kb的全长LTR逆转座子。通过分析，我们估算出毛竹LTR逆转座子插入基因组的时间主要分布于200~500万年前，晚于毛竹基因组四倍化的时间。研究还发现了29个位于全长LTR逆转座子内部、有转录组序列支持的蛋白编码基因，这些毛竹基因均不符合所在基因组区段的毛竹-水稻基因共线性关系，且位于LTR逆转座子内部的基因与存在于染色体其他位置的同源基因在表达模式上有着较大差异。本研究首次尝试从 LTR逆转座子的角度探索毛竹基因的进化历程，也为今后的植物基因组研究提供了重要的基础数据。

毛竹；转座因子；长末端重复序列型逆转座子；进化；基因组