研究报告

小麦 KNOX 基因家族鉴定与生物信息学分析  

宋宁宁 , 梁慧慧 , 安义伟 , 柏胜龙 , 麻菲菲 , 张震 , 李浩 , 周云 , 郭光辉 , 宋纯鹏
河南大学生命科学学院, 省部共建作物逆境适应与改良国家重点实验室, 开封, 475004
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 3 篇   
收稿日期: 2020年11月23日    接受日期: 2020年12月08日    发表日期: 2022年09月21日
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摘 要
KNOX 基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。然而,关于小麦 KNOX 基因家族的研究很少。本研究利用生物信息学手段从小麦基因组中鉴定到分布于 18 条染色体上的 36 个 KNOX 基因,所有鉴定到的家族成员均含有 KNOX1 或 KNOX2 结构域。本研究对 KNOX 基因家族的系统进化、基因结构、蛋白结构域、顺式作用元件和基因表达模式进行了分析。根据其系统发育关系,将小麦 KNOX 基因分为 Class玉和 Class域两大亚类,两亚类又进一步分为5 个进化分支。大多数小麦 KNOX 基因含有典型 KNOX1、KNOX2、ELK、HOX四个蛋白保守结构域。小麦 KNOX基因的启动子分析发现了一些与激素、生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件。不同组织器官转录组数据分析显示,Class玉类 KNOX基因具有明显的组织特异性,Class域类 KNOX 基因的表达部位更广泛。本研究为进一步分析小麦 KNOX基因家族的功能和调控机制提供了重要信息。
KNOX 基因家族是编码同源异型盒蛋白的转录因子,在植物生长发育和形态建成过程中起着重要的调控作用。然而,关于小麦 KNOX 基因家族的研究很少。本研究利用生物信息学手段从小麦基因组中鉴定到分布于 18 条染色体上的 36 个 KNOX 基因,所有鉴定到的家族成员均含有 KNOX1 或 KNOX2 结构域。本研究对 KNOX 基因家族的系统进化、基因结构、蛋白结构域、顺式作用元件和基因表达模式进行了分析。根据其系统发育关系,将小麦 KNOX 基因分为 Class玉和 Class域两大亚类,两亚类又进一步分为5 个进化分支。大多数小麦 KNOX 基因含有典型 KNOX1、KNOX2、ELK、HOX四个蛋白保守结构域。小麦 KNOX基因的启动子分析发现了一些与激素、生长发育和胁迫响应相关的顺式作用调控元件。不同组织器官转录组数据分析显示,Class玉类 KNOX基因具有明显的组织特异性,Class域类 KNOX 基因的表达部位更广泛。本研究为进一步分析小麦 KNOX基因家族的功能和调控机制提供了重要信息。

 

关键词
小麦;KNOX 基因家族;基因结构;基因表达
《分子植物育种》印刷版
• 第 20 卷
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