叶梅荣^* , 王晓鹏 , 周玉丽

安徽科技学院生命与健康科学学院,凤阳, 233100
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 22 篇   
收稿日期: 2020年11月15日    接受日期: 2020年11月23日    发表日期: 2022年07月25日

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本研究以黄石斛(Dendrobium catenatum Lindl.)作为参考基因组，用 GBS-SNP标记比较分析 4种石斛(霍山石斛,铁皮石斛,细茎石斛,梵净山石斛)的差异和亲缘关系，以期为这 4种石斛的研究提供参考。结果表明：4种石斛每个样本产生的 clean reads值分别为 1 390 262、1 286 162、1 380 009、1 170 337；每个样本的单核苷酸多态性位点(SNP)数目分别为 1 507 746、893 333、1 364 605和 1 227 006个；Admixture软件分析遗传结构显示：最佳的 K值是 2时，铁皮石斛聚为一支，其余石斛聚为一支；而当 K=3时，铁皮石斛聚为一支，部分霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛聚为一支，另一部分霍山石斛聚为一支；K=4时，分为 4支，铁皮石斛聚为一支，细茎石斛与梵净山石斛聚为一支，霍山石斛被分为两支，这结果与邻接 NJ树相似；主成分分析(PCoA)显示 91个石斛样本被分为三支，铁皮石斛聚为一支，霍山石斛聚为一支，细茎石斛和梵净山石斛聚为一支。根据本研究结果揭示铁皮石斛与其余 3种石斛亲缘关系较远，细茎石斛与梵净山石斛亲缘关系较近，霍山石斛可被分为两大支，其中一支霍山石斛与细茎石斛、梵净山石斛亲缘关系较近。本研究证实了GBS产生高通量 SNP可应用于不同种石斛或其他不同种植物的亲缘关系鉴定。

单核苷酸多态性；石斛；Clean reads；邻接树