罗茜¹ , 方正¹ , 余婕¹ , 翁庆北^1,2 , 朱斌¹

1 贵州师范大学生命科学学院, 贵阳, 550025; 2 黔南民族师范学院, 都匀, 558000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 19 篇   
收稿日期: 2020年10月19日    接受日期: 2020年10月29日    发表日期: 2023年01月30日

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为探究圆锥南芥(Arabis paniculata Franch)叶绿体基因组特征及密码子使用偏好性，本研究利用MISA、CUSP 和 CodonW 等软件对圆锥南芥的叶绿体基因组的 SSR 位点、系统发育及密码子偏好性进行分析。研究结果表明，圆锥南芥的完整叶绿体基因组长度为 153 541 bp，基因组平均 GC 含量为36.41%，其 IR、LSC 及 SSC 区长度分别 26 419 bp、82 679 bp 及 18 024 bp。注释得到 128 个基因，包括 85 个蛋白编码基因，35 个 tRNA 基因和 8 个核糖体 rRNA 基因。SSR 分析共发现 67 个 SSR 位点，绝大多数属于单碱基重复的A/T 类型。系统进化分析表明，圆锥南芥与所选的两个南芥属物种遗传距离较远，单独聚为一支。密码子偏好性分析显示，圆锥南芥叶绿体基因组密码子使用模式主要受到自然选择和突变双重因素的影响，共筛选出 22个最优密码子，其中 21 个(95.45%)以 A/U 结尾。本研究可为圆锥南芥系统发育、叶绿体基因组密码子优化、外源基因表达效率以及进一步的遗传改良和育种相关研究提供参考依据。

圆锥南芥；叶绿体基因组；密码子偏好性