研究报告

光皮树全基因组调查  

周文才 , 李进 , 左继林 , 唐山
江西省林业科学院, 江西省油茶种质资源保护与利用重点实验室, 南昌, 330013
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2020年10月10日    接受日期: 2020年10月25日    发表日期: 2022年04月28日
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摘 要

光皮树是重要的木本油料树种,也是优良的用材、园林绿化及生态树种,其分子生物学研究进展缓慢。本研究采用 Illumina 高通量测序技术及 K-mer 分析等生物信息学方法,首次开展了光皮树全基因组调查,结果表明:(1)光皮树基因组大小为 1 001.81 Mb;(2)光皮树基因组杂合率为 0.77%,重复序列比例为 62.84%,GC 含量为 35.82%;(3)利用 SOAP de novo 软件对 50.10 Gb 序列进行组装,得到 1 313 158 条 scaffold,拼接序列总长为 897 216 182 bp,scaffold N50 为 2 842 bp。根据光皮树基因组各指标的评估,推测光皮树基因组具有较高的重复序列和杂合率,本研究结果为光皮树进一步全基因组测序策略等提供了理论依据。

关键词
光皮树;基因组调查;基因组大小;杂合率;GC 含量
《分子植物育种》印刷版
• 第 20 卷
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