何芳练¹ , 董伟清^1* , 邱祖杨² , 蒋慧萍¹ , 刘莉莉² , 陈琦³ , 黄诗宇¹

1广西壮族自治区农业科学院生物技术研究所,南宁, 530007; 2荔浦市农业农村局,荔浦, 546600; 3南宁新技术创业者中心,南宁, 530007
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《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2020年06月28日    接受日期: 2020年07月06日    发表日期: 2022年07月25日

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荸荠(Eleocharis dulcis)是一种重要的特色水生蔬菜，为开发用于荸荠遗传学研究的简单重复序列(SSR)分子标记，本研究基于 RAD-seq技术对荸荠进行简化基因组测序，并进行 SSR标记开发与引物设计。结果显示，共检测到 5 039个 SSR位点，其中 4 127个 SSR位点可利用并成功设计引物。在可利用的 SSR位点中，三碱基重复基序类型所占比例最高，数量为 1 894个，占位点总数的 45.89%；其次是二碱基重复基序类型，数量为 1 406个，占位点总数的 34.07%。随机选取了 100对引物进行有效性验证，扩增成功率为 93%，从扩增成功的引物中选取 83对引物对两个品种进行多态性检测，83对引物共得到 232条条带，其中多态性条带为 128条，具有多态性的引物为 60对，多态性比率为 72.28%。通过 RAD-seq开发的荸荠 SSR标记有效性和多态性较高，为后期荸荠种质资源的高效利用、品种的遗传改良及分子育种提供了基础。

荸荠(Eleocharis dulcis)；RAD-seq；SSR；分子标记