王晓双 , 王雁青 , 李仕洪 , 刘映良^* , 朱斌

贵州师范大学生命科学学院,贵阳, 550025
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2020年06月20日    接受日期: 2020年06月26日    发表日期: 2021年12月12日

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为探究化香属植物叶绿体基因组密码子使用特征，本研究利用 CodonW、CUSP和 SPSSAU软件分别对圆果化香和化香两种化香属植物的叶绿体基因组密码子使用模式进行分析。结果表明：圆果化香和化香叶绿体基因组蛋白编码序列的 GC含量分别 37.75%和 37.80%，密码子第 3位碱基 GC含量分别为27.16%和 27.25%。有效密码子数在 35.19~56.98之间，超过 2/3的基因 ENC值大于 45，表明密码子偏好性较弱。中性绘图、ENC-plot绘图和 PR2-plot绘图分析。结果表明：化香属叶绿体大部分基因的密码子偏好性受到自然选择的影响，同时也有部分基因受到突变压力的影响；以 ENC值为标准，确定了 5组高表达基因和5组低表达基因，共筛选出 18个最优密码子，其中 16个以 A/U结尾。本研究能够为叶绿体基因组密码子优化、提高外源基因表达效率以及系统进化的相关研究提供依据。

化香属；叶绿体基因组；密码子偏好性；最优密码子