孙亭亭 , 王大伟 , 陈乐 , 王卫峰 , 龚达平 , 陈雅琼 , 孙玉合

中国农业科学院烟草研究所, 烟草行业烟草基因资源利用重点实验室, 青岛, 266100
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13卷, 第 22 篇   doi: 10.13271/j.mpb.013.000171
收稿日期: 2014年04月21日    接受日期: 2014年06月12日    发表日期: 2014年07月18日

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在不同物种中，微卫星(simple sequence repeats, SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序，并用SSRHunter软件验证，来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示：在马铃薯的56 218条编码区序列中，检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列，其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%)；含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多，分别为2 358和1 075个，两者占总数的98%，其他类型的重复单元出现次数较少；构成微卫星序列的不同重复单元有603个；六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个，三核苷酸GAA重复单元重复次数最高，为193次。在自然选择规律下，编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类，其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性，筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。

马铃薯；SSR；简单重复序列；基因编码区；生物信息学