1陕西省西安植物园(陕西省植物研究所),西安, 710061; 2陕西省植物资源保护与利用工程技术研究中心,西安, 710061; 3陕西省科学技术情报研究院,西安, 710061
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 11 篇
收稿日期: 2020年03月03日 接受日期: 2020年03月09日 发表日期: 2021年08月15日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 11 篇
收稿日期: 2020年03月03日 接受日期: 2020年03月09日 发表日期: 2021年08月15日
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摘 要
本研究基于新一代高通量测序技术平台 Illumina HiSeqTM 4000对野百合进行转录组测序,对物种的转录组序列进行统计,并将得到的数据进行de novo 组装,结果共获得 47 605条 Unigenes,总长度为33 972 306 bp,平均长度为 713 bp,N50为 1 204 bp。将获得的 Unigenes与 Nr、Swiss-Prot、KEGG以及 KOG数据库进行比对,结果显示,分别有 28 104、17 739、11 984及 14 682条 Unigenes成功注释。通过与 KOG数据库进行比对,可分为 25个不同的功能注释。与 GO数据库进行比对,结果显示,共有 33 254条 Unigene获得注释,这些功能注释分为三大类 50个功能亚类。其中,生物过程最多。以 KEGG数据库参考,共有 11 984条Unigenes参与 133条代谢途径分支,以代谢相关的通路较为集中,找到了与花青素合成关键酶的 Unigenes。本研究极大地丰富了野百合的基因资源,为进一步开展野百合功能基因及分子标记育种等方面的研究提供了一定理论支持与依据。
关键词
野百合(Lilium brownie);Illumina高通量测序;转录组