研究报告

黄瓜 CsamiR156a 及其靶基因 CsSPLs 的生物信息学分析  

李尧尧1 , 常怀成1 , 周海霞2 , 吴小波2 , 李庆飞1 , 袁敬平1 , 李芳霞2 , 孙涌栋1*
1 河南科技学院园艺园林学院, 河南省园艺植物资源利用与种质创新工程研究中心, 新乡, 453003; 2 郑州市蔬菜研究所, 郑州, 450000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 11 篇   
收稿日期: 2020年02月20日    接受日期: 2020年02月27日    发表日期: 2021年05月10日
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摘 要

miR156 是植物中广泛存在的一类 miRNA,在逆境胁迫和植物生长发育过程中发挥了重要作用。为了深入研究 CsamiR156a 在黄瓜果实膨大中的功能,本研究采用生物信息学方法对 CsamiR156a 及其靶基因CsSPLs (SQUAMOSA promoter-binding protein-like)进行分析。结果表明,CsamiR156a 前体序列具有完整的茎环结构,成熟序列高度保守。CsamiR156a 11 条靶基因,编码 8 个不同的 CsSPLs 蛋白序列。8 CsSPLs蛋白均属不稳定蛋白,多数为碱性蛋白、亲水性蛋白。二级结构均为混合型,无信号肽和跨膜结构,均为可溶性蛋白。8 CsSPLs 蛋白大部分都含有糖基化位点,有 17~83 个不等的磷酸化位点,均定位于细胞核。系统进化树表明,黄瓜 CsSPLs 蛋白与甜瓜、中国南瓜和印度南瓜等物种 SPLs 蛋白遗传距离较近;蛋白序列分析发现,各物种 SPLs 蛋白均含有 SBP (Squamosa promoter binding protein)功能结构域,且其位置和数量大体相同,说明 SPLs 蛋白功能保守。据此推测,CsamiR156a 通过靶向调控 CsSPLs 基因表达参与了黄瓜果实膨大。该研究结果为今后深入研究黄瓜果实膨大的分子机理提供了一定的科学依据。

关键词
黄瓜(Cucumis sativus);果实膨大;miR156a;SPLs;生物信息学分析
《分子植物育种》印刷版
• 第 19 卷
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