崔竣杰¹ , 洪宇¹ , 曹毅¹ , 程蛟文² , 胡开林 ^2* , 崔竣杰^1*

1佛山科学技术学院食品科学与工程学院,佛山, 528000; 2华南农业大学园艺学院,广州, 51064
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 23 篇   
收稿日期: 2020年01月08日    接受日期: 2020年01月10日    发表日期: 2021年04月21日

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为了全面了解苦瓜转录组 SSR位点特征和满足苦瓜分子育种对分子标记的需求，利用 MISA软件对来自苦瓜材料‘大沥 -11’6个组织的 59 740条转录组 Unigene序列进行 SSR位点搜索，共检测出 31 066个SSR位点，出现频率(发现的 SSR个数与总 Unigene数之比)为 52.00%，平均每 2.62 kb出现 1个 SSR位点。在苦瓜转录组 SSR位点中，基元类型主要为三核苷酸，占总 SSR位点的 42.17%；其次是二核苷酸，占总 SSR位点的 31.66%。利用 Primer 3软件对搜索到的苦瓜转录组 SSR位点进行引物设计，然后把获得的引物序列比对回苦瓜的参考基因组，选择上下游引物序列都是唯一比对的序列并去除重复后共获得 9 135对特异SSR引物。选择 MC00上的 232对特异 SSR引物对‘谭边大顶’和‘华艺 320’两个苦瓜品种基因组 DNA进行 PCR扩增，其中有 219对特异引物可扩增出清晰的条带，有效扩增率为 94.40%；有 31对特异引物扩增产物表现出多态性，多态率为 13.36%。本研究开发的苦瓜转录组特异 SSR引物为苦瓜的种质资源分析、基因定位、分子标记辅助选择等理论与应用研究提供了引物数据参考。
 

苦瓜(Momordica charantia)；转录组；SSR