张子楠¹ , 张潮^1,2 , 唐汉青¹ , 相孟达¹ , 董溪¹ , 汤晓辛^1,2*

1贵州师范大学生命科学学院,西南喀斯特山地生物多样性保护国家林业局重点实验室,贵阳, 550001; 2贵州师范大学,贵州省植物生理与发育调控重点实验室,贵阳, 550001
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 27 篇   
收稿日期: 2020年01月07日    接受日期: 2020年01月10日    发表日期: 2021年04月14日

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日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)具有很好的观赏价值和药用价值，但基因组信息相对缺乏，导致其分子生物学和基因功能的研究受到限制。为了获得和挖掘日本蛇根草的基因数据和功能，本研究利用日本蛇根草 RNA-seq转录组数据进行分析，总共产生 8.48 GB数据；对所有单基因在 KEGG通路数据库进行分析，共有 131 913个单基因被分配给 KO (KEGG orthology)，并定位到 20个二层通路 129个不同的通路。Unigene功能注释，获得 GO分类条目 134 644条 Unigenes；获得 COG注释 Unigenes 67 961条，其中通用预测Unigenes最多。在 28 483条单基因簇中获得 37 070个简单重复序列(SSR)，出现频率为 16.25%，发生频率为 12.49%，其平均长度为 20 bp。通过设计进行筛选获取 20 379对 SSR引物，随机筛选 50对引物进行验证证明 SSR引物具备有效性，日本蛇根草 SSR位点具有较高的多态性潜能，对遗传多样性的鉴定具有潜在的开发价值。综上所述，本研究提供了有价值的基因研究和分子研究的信息来源，将为功能基因的克隆、基因表达、分子标记开发和遗传多样性研究提供帮助。

日本蛇根草(Ophiorrhiza japonica)；转录组；SSR；生物信息学；功能注释