谭秋锦¹ , 王文林^1* , 陈海生¹ , 韦媛荣¹ , 郑树芳¹ , 黄锡云¹ , 贺鹏¹ , 夏志强^2*

1 广西南亚热带农业科学研究所, 龙州, 532415; 2 中国热带农业科学院热带生物技术研究所, 海口, 571101
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 44 篇   
收稿日期: 2019年12月19日    接受日期: 2019年12月27日    发表日期: 2020年12月11日

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为了明确澳洲坚果品种的遗传多样性，本研究利用基因组随机扩增序列 SNP 多态性及甲基化多态性技术对 45 份澳洲坚果种质的单核苷酸多态性(SNPs)位点进行了基因分型，分析其亲缘关系与遗传多样性。结果表明，种质测序中 SNPs 数量有 427 736 个，插入或缺失(indels)数量有 26 055 个，SNPs 中发生转换概率与发生颠换概率的比值 ts/tv 为 0.77，1 st ALT 为 0.79；单一序列中 SNPs 占 3.5%，ts/tv 为 0.71，indels 占3.5%。群体结构分析将 45 份澳洲坚果种质分为 4 类群，类群分别用红色、荧光绿色、蓝色和紫色表示。4 个类群间基因交流密切，可根据条带颜色的比例判断类群。第 1 类群有 2 份种质，第 2 类群有 1 份种质，第 3 类群有 4 份种质，第 4 类群有 38 份种质，利用 UPGMA 法得到的聚类结果，同样表明 45 份种质分为 4 个类群。澳洲坚果种质资源存在很多品系，本研究结果为澳洲坚果分子标记辅助育种提供科学依据。
 

澳洲坚果；遗传多样性；单核苷酸多态性(SNP)