周宵^1,2 , 彭映辉¹ , 蒋丽娟¹ , 陈景震² , 王明怀³ , 何祯祥⁴ , 陈勇⁵ , 康向阳⁶ , 张良波^2,6*

1中南林业科技大学生命科学与技术学院,长沙, 410002; 2湖南省林业科学院生物能源研究所,长沙, 410004; 3广东省林业科学研究院,广州,510000; 4南京大学生命科学学院,南京, 210000; 5重庆市大足区西山林场,重庆, 402360; 6北京林业大学生物科学与技术学院,北京, 100083
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 25 篇   
收稿日期: 2019年11月27日    接受日期: 2019年12月02日    发表日期: 2021年01月21日

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本研究基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据，利用软件 MISA (1.0)对所有 Unigene进行 SSR搜索、检测和特征分析。结果显示，光皮树叶片转录组 36 839条 Unigene，有 8 945条 Unigene含有 SSR。一共有 SSR位点 12 538个，出现频率约为 2 514 bp/个。其中完整型和混合型 SSR位点个数分别为 11 050和 1 488，一条 Unigene中含有 5、4、3、2、1个 SSR位点的分别有 11、37、199、1 329、8 540条。SSR丰富度依次为二、一、三、四、六、五核苷酸，分别有 7 282、3 388、1 675、96、59、38个。SSR共有 210种重复基元，从一核苷酸到六核苷酸分别有 4、12、60、52、27、55种。其中 SSR重复基元的重复次数均在 5~44次，重复次数主要集中在 4~15次，占 94.47%。不同类型 SSR重复基元频率最高的 ４ 类碱基序列依次为 AG/CT、A/T、AT/AT和 AC/CT，以二核苷酸为主。通过正交实验，得出 SSR-PCR反应体系最佳组合为：退火温度 55℃+循环次数34+模板浓度 50 ng/滋L+引物量 0.5滋L。SSR-PCR反应体系优化保证了后续分子标记实验数据的可靠性，为光皮树 SSR遗传多样性、表型性状关联等分析提供了依据。
 

木本油料植物；转录组；特征分析； SSR； PCR反应体系