罗柳明² , 李荣琛² , 李紫瑶² , 张克中^2,3 , 赵和文^2* , 吴静^1,2,3*

1北京农学院,林木分子设计育种高精尖创新中心,北京, 102206; 2北京农学院园林学院,北京, 102206; 3北京林业大学,城乡生态环境北京实验室,北京, 102206
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《分子植物育种》印刷版, 2021 年, 第 19卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2019年11月28日    接受日期: 2019年12月05日    发表日期: 2021年03月17日

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从牡丹花色候选基因中开发一套 SSR标记，为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助。本研究基于高通量转录组测序技术(RNA-seq)获得了 278条涉及调控牡丹花色形成的 Unigenes序列，利用 SSRIT在 128条 Unigenes中检测到 215个 SSR位点，出现频率为 46.04%。其中优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复，分别占总 SSR位点的 18.60%、41.86%和 36.28%，优势重复基元为 TC/GA和AT/TA，分别占二核苷酸重复的 30.00%和 27.50%。在此基础上，从中选择 100对 SSR引物合成，以牡丹品种基因组 DNA为模板，验证其有效性和多态性。结果表明，有效引物 50对(占 50%)，多态性引物 12对(占24%)。12对多态性引物在芍药属 12个不同种质内进行通用性检测，转移率范围为 83.33%~100%，平均转移率为 96.53%，表明牡丹 SSR标记在芍药属内具有较高的通用性。利用高通量 RNA-seq开发牡丹候选基因 SSR标记可为牡丹功能基因挖掘、品种分子身份证构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供重要的遗传资源。

 

牡丹；转录组；花色基因；SSR标记；通用性