崔哲^1,2 , 左力辉¹ , 韩坤瑾¹ , 李玉言¹ , 杨敏生^1*

1 河北农业大学林学院, 河北省林木种质资源与森林保护重点实验室, 保定, 071000; 2 河北大学药学院, 河北省药物质量分析控制重点实验室,保定, 071002
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 31 篇   
收稿日期: 2019年11月18日    接受日期: 2019年12月25日    发表日期: 2020年06月24日

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以毛果杨全基因组数据为试验材料，探究其 SSR 位点的分布模式及规律，通过分析可知，毛果杨全基因组全长 307 840 768 bp，共存在 726 种 SSR 重复单元，213 634 个 SSR 位点，平均每 1 441 bp 出现一个SSR 位点。1 号染色体 SSR 位点和种类最多，17 号染色体 SSR 位点最少。单核苷酸到六核苷酸的数量呈降低趋势，其中单核苷酸 ~ 四核苷酸在不同染色体中的比例相对稳定，比例接近 61.5:16.5:7.3:1。毛果杨 SSR序列长度范围在 10~216 bp 间变化，平均长度为 14.48 bp，主要是以 10~30 bp 长度的序列为主，达到 95%。研究发现 SSR 重复单元都随着重复长度的递增，微卫星丰度呈递减趋势，即 SSR 重复次数越多，微卫星出现频率越低。所有类型 SSR 中序列显示出显著的碱基偏好性，均以 A/T 的重复类型占主导地位。毛果杨全基因组共存在 383 种稀有 SSR 单元，不同染色体上存在的 SSR 稀有单元数存在较大差异。通过 SSR 分布矩阵可将所有染色体分为 3 大类，第 1 类的 2 号、3 号、4 号、9 号、15 号、16 号共 6 对染色体与其他染色体间相对独立，没有或很少与其他染色体间发生交流；在第 2、3 大类中，各染色体间的关系相对比较紧密，这些染色体存在频繁的交流，进而存在相近的 SSR 位点分布模式。

毛果杨(Populus trichocarpa)；基因组；SSR；规律