张霞^1,2 , 张大毛 ^1,2 , 张力^1,2 , 王香菲^1,2 , 熊兴耀^1,3 , 甘德欣⁴ , 于晓英^1,2* , 李炎林^1,2,3*

1 湖南农业大学园艺学院, 长沙, 410128; 2 湖南农业大学, 湖南省中亚热带优质花木繁育与利用工程技术研究中心, 长沙, 410128; 3 中国农业科学院蔬菜花卉研究所, 北京, 100018; 4 湖南农业大学风景园林与艺术设计学院, 长沙, 410128
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 14 篇   
收稿日期: 2019年10月08日    接受日期: 2019年10月18日    发表日期: 2020年12月08日

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红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广，广泛应用于城市绿化和园林美化，是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢，红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于 Illumina 测序平台测定了红花檵木基因组，运用生物信息学的方法预测其基因组大小，分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC 含量等基因组特征，并进一步用SOAP de novo 软件进行了基因组的组装。研究表明：红花檵木基因组大小的校正值为 2.87 Gb；红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点，重复序列比率为 76.32%，杂合率为 0.20%，GC 含量为 35.52%；利用SOAP de novo 软件对 49.42 Gb Clean data 进行了组装，得到 4 333 224 条 Scaffold，拼接序列总长度为1 504 451 854 bp，组装后得到的最长序列为 26 254 bp，N50 为 528 bp，N90 为 133 bp，后续研究建议采用Illumina+PacBio RS Ⅱ测序技术相结合方式，辅以 Hi-C 技术及其相应的拼接组装软件，有望得较好的红花檵木全基因组图谱。
 

红花檵木(Loropetalum chinense var. rubrum)；基因组大小；杂合度；全基因组