段豪 , 施钦 , 王紫阳 , 宣磊 , 徐建华 , 杨颖^* , 芦治国^*

中国科学院植物研究所, 江苏省落羽杉属树木种质创新与繁育工程研究中心, 南京, 210014
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2019年09月18日    接受日期: 2019年09月25日    发表日期: 2020年12月09日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

为开发天竺桂 EST-SSR 引物，采用 Illumina 测序平台对天竺桂根部和叶片组织进行转录组测序，拼接得到 80 149 条 Unigenes，利用 MISA 软件在 17 328 条大于 1 kb 的 Unigene 中检索到 10 540 个 SSR 位点，出现频率为 60.83%，分布于 7 804 条 Unigene，发生频率为 9.7%。共检测到 60 种 SSR 重复基元类型，单核苷酸重复(52.4%)、二核苷酸重复(16.1%)和三核苷酸重复(9.9%)为主要的重复类型。A/T、AG/TC 和 AAG/CTT 分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基元。利用 Primer 3.0 软件设计 EST-SSR 引物，并随机挑选 50 对 SSR 引物，以四个省份 5 个群体 30 株不同的天竺桂为材料进行验证，聚丙烯酰胺银染法检测出 23 对引物可进行有效扩增，其中 7 对具有多态性。利用毛细管荧光电泳法检测 7 对多态性引物的位点多态信息含量为 0.199~0.832，平均值为 0.46，表现出较高的多态性。本研究首次基于天竺桂转录组高通量测序数据开发了 EST-SSR 分子标记，为天竺桂构建遗传连锁图谱、DNA 指纹图谱、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等工作提供科学基础。
 

天竺桂(Cinnamomum japonicum)；转录组；EST-SSR；PAGE；毛细管荧光电泳