1 上海应用技术大学生态技术与工程学院, 上海, 201418; 2 中国科学院上海辰山植物科学研究中心, 上海辰山植物园, 上海, 201602
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 19 篇
收稿日期: 2019年09月16日 接受日期: 2019年09月20日 发表日期: 2020年11月04日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 19 篇
收稿日期: 2019年09月16日 接受日期: 2019年09月20日 发表日期: 2020年11月04日
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摘 要
壳壳斗科植物叶片富含色素、多糖及多酚类等物质,采用常规 CTAB 法、SDS 法虽然总 DNA 产率较高,但多酚类和多糖污染严重;采用进口试剂盒提取,虽能有效降低总 DNA 中多糖多酚类物质的污染,但DNA 产率低,常伴有明显降解,不能满足测序要求,性价比差。因此,现有的 DNA 提取方法难以满足二代测序酶切法建库对 DNA 纯度和产量的要求。通过对 4 种 CTAB 提取方法进行对比和改良,结合硅胶吸附法,对 6 种壳斗科植物叶片总 DNA 抽提进行测试和优化,对比不同方法所获 DNA 产率、纯度差异和对下游分子生物学实验的影响。结果表明,常规 CTAB 法和 Rezadoost 改良法所获 DNA 产率高,但多糖污染严重。Sahu 改良法所获 DNA 纯度最高,除糖除酚效果最好,但产率损失最高。而本实验室的改良 CTAB 法,在细胞核裂解之前,加入含有抗坏血酸、Triton X-100 等的漂洗液,有效去除多糖多酚等杂质,所提取的 DNA 纯度高,产率大,相比核裂解之后进行除杂的效果更优,最适于后期分子实验的应用。进一步采用硅胶吸附可有效纯化并获得高纯度 DNA,能满足下游 PCR 及酶切实验。该方法能有效克服传统 CTAB 法和试剂盒在壳斗科植物提取中的困难。
关键词
基因组 DNA 提取;高通量测序;多糖多酚污染;酶切