周宵¹ , 彭映辉¹ , 陈景震² , 蒋丽娟¹ , 李昌珠² , 姚茂华³ , 向祖恒³ , 张良波^2,4*

1中南林业科技大学生命科学与技术学院,长沙, 410002; 2湖南省林业科学院生物能源研究所,长沙, 410004; 3湖南省龙山县林业局,湘西,416800; 4北京林业大学生物科学与技术学院,北京, 100083
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 10 篇   
收稿日期: 2019年08月29日    接受日期: 2019年09月06日    发表日期: 2020年10月30日

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用 Illumina HiSeq测序平台技术，对光皮树叶片进行转录组测序分析，经组装获得 36 839条 Unigene，与 NR、String、Swissprot、KEGG等数据库进行比对注释，25 857条 Unigene得到注释，注释率为 70.09%。光皮树叶片转录组 Unigene在 Pfam、NR、String、Swissprot、KEGG、KOG、GO等数据库中被注释的基因数目分别为 14 776、25 758、13 761、16 900、10 575、9 656、15 286。注释结果显示，光皮树与葡萄同源的序列最多，GO和 KOG将其分成 3大类别 58个小组和 3个功能类别；根据 KEGG，13 114条 Unigene参与了 33类代谢途径。采用软件 MISA对 Unigene进行 SSR检测，36 839条中有 8 945条有 SSR，共搜索到 10 828个 SSR位点，SSR长度范围在 10~329 bp，平均长度为 22.69 bp。SSR丰富度最高为二核苷酸，占所有 SSR的 58.07%，其次为一核苷酸和三核苷酸，分别占总 SSR的 27.02%和 13.36%。本研究，通过光皮树叶片转录组测序，获得了大量基因序列，了解了光皮树基因的大致表达情况，同时为今后开发和利用光皮树、分子生物学标记、光皮树基因组的测序与组装提供了数据参考，也为后续光皮树在分子生物学研究、光皮树核心种质构建以及定向育种等领域提供了依据。
 

光皮树(Swida wilsoniana)；转录组；测序；基因注释；SSR