研究报告

水稻 BBX 基因家族生物信息学及表达模式分析  

张超1 , 王伟平2 , 赵杨1 , 李文忠1 , 张超2*
1 湖南省农业科学院水稻研究所, 长沙, 410125; 2 湖南省农业科学院湖南杂交水稻研究中心, 杂交水稻国家重点实验室, 长沙, 410125
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 2 篇   
收稿日期: 2019年06月27日    接受日期: 2019年07月05日    发表日期: 2020年11月04日
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摘 要

BBX 家族是植物中一类重要的光温响应转录因子,在调节植物生长发育、光形态建成以及响应环境逆境等方面发挥重要作用。为揭示该家族相关分子特征以及表达模式,本研究采用生物信息学与转录组学相结合的方法,对水稻 BBX 基因结构、蛋白基序以及响应激素与非生物逆境的表达模式进行了系统研究。基因结构分析发现该家族基因整体长度较小,大部分在 4 kb 以内;蛋白氨基酸序列分析发现主要含有 6种氨基酸基序类型,其中氨基酸基序 是构成该家族的基本基序。通过组织时空表达分析发现,该家族表现出较强的组织特异性和光周期性;通过基因芯片激素处理的数据分析,水稻 BBX 家族的表达水平在整体上对脱落酸(ABA)和茉莉酸(JA)处理下表达变化显著,在赤霉素(GA)处理下表达差异不显著;通过高温、干旱、盐等逆境处理后的转录组测序分析,发现该家族多数成员对逆境的响应变化差异不大,少数基因表达差异显著,具有多样化和特异性。综上表明,水稻 BBX 家族基因组层面的分子特征具有相似性和保守性,响应激素和逆境的表达水平多样化,暗示该家族可能参与了多种逆境响应途径。 

关键词
BBX 家族;分子特性;表达模式
《分子植物育种》印刷版
• 第 18 卷
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