原晓龙 , 郝佳波 , 王毅^* , 陆斌^*

云南省林业和草原科学院, 国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室, 云南省森林植物培育与开发利用重点实验室, 昆明,650201
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 12 篇   
收稿日期: 2019年06月24日    接受日期: 2019年06月28日    发表日期: 2020年11月04日

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为了分析铁核桃基因组密码子使用模式及其主要影响因素，本研究利用 Codon W 1.4.2 和在线软件CUSP 对源自铁核桃叶绿体基因组中的 52 个基因的密码子碱基组成规律进行分析，并作中性绘图、ENC-plot和偏倚性分析，通过计算高、低表达基因库间的 驻RSCU 值来确定最优密码子。结果显示，密码子不同位置的GC 含量存在差异，表现为 GC1 (46.59%)>GC2 (39.03%)>GC3 (27.47%)；ENC 值在 37.68~58.08 之间，且 ENC值>45 的有 36 个，占比 69.23%；中性绘图分析显示 GC12 在0.306~0.543 之间，GC3 在 0.300~0.365 之间，GC12和 GC3 的相关系数为 0.182，相关性不显著，回归系数为 0.261 2；ENC-plot 分析显示大部分基因位于标准曲线附近；偏倚性显示位于平面图的右下方位置的基因数量最多；最优密码子分别为 UUU、UUA、GUA、AGU、ACU、UAU、CAA、AAA、GAA、UGU、AUU 和 GCA。以上结果说明铁核桃叶绿体基因组密码子偏好以 A/T 结尾，影响偏好性的主要因素为选择。本研究为以后通过外源基因密码子改造后以铁核桃叶绿体为载体进行异源表达及种源鉴定提供科学根据。 

铁核桃(Juglans sigillata Dode)；叶绿体基因组；密码子偏好性