梁皓辉 , 符虹宇 , 黎钊坪 , 李雁群^*

广东海洋大学食品科技学院, 湛江, 524088
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 16 篇   
收稿日期: 2019年06月04日    接受日期: 2019年06月14日    发表日期: 2020年09月17日

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本研究以小球藻(Chlorella sorokiniana)叶绿体基因组序列为材料，选取其中以 ATG 为起始密码子且长于 300 bp 的 38 条非重复编码序列为研究对象，利用 CodonW、CUSP、Excel 等软件分析其密码子使用特征。结果表明，小球藻叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(ENC)分布在30.18~61.00 之间，其密码子偏好性不强，GC_3S 的含量仅为 29%，表明密码子中的第 3 位碱基以 A/T 结尾为主；有效密码子数与 GC_3S 的相关性达到极显著水平。中性绘图分析、ENC-plot 分析、PR2-plot 分析结果表明，小球藻叶绿体基因组密码子的偏好性主要受自然选择的影响。最终确定 TTT、TTA、CAA、CCA、ATT、GTT、TCA、ACA、GCT、TAT、TGA、CAT、AAT、AAA、GAT、GAA、CGT 和 GGT 18 个高频高表达密码子为最优密码子。研究结果对小球藻资源的开发利用具有重要意义。
 

小球藻(Chlorella sorokiniana)；叶绿体基因组；密码子偏好性