张志康 , 郭绩宁 , 郭之乐 , 王巍杰^*

华北理工大学生命科学学院, 唐山, 063210
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2019年05月08日    接受日期: 2019年05月17日    发表日期: 2020年08月21日

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本研究运用生物信息学方法，在芥菜(Brassica juncea)全基因组中鉴定了 29 个 GRF 转录因子家族基因，对该家族理化性质、系统发育关系、基因结构、保守基序以及芥菜 GRF 基因家族扩张原因进行分析。理化性质分析表明，29 个芥菜 GRF 蛋白序列长度为 125~555 aa，分子量为14.28~62.65 kD，理论等电点 pI 介于6.19~9.97 之间；拟南芥、白菜、黑芥和芥菜的 GRF 基因家族系统发育树分析显示芥菜 GRF 转录因子可分成4 类，物种中 GRF 基因的亲缘关系符合期望的物种间系统发育关系；GSDS 结构分析芥菜 GRF 家族基因多为 4 个外显子结构；MEME 分析表明 29 个芥菜 GRF 基因都具有 QLQ 和 WRC 结构域的保守基序结构；串联重复和芸薹属三倍乘事件对芥菜 GRF 基因家族扩张的贡献分别为 6.9%和 38.0%，表明芸薹属三倍乘事件对芥菜 GRF 家族扩张起到重要驱动作用。以上研究结果对芥菜 GRF 转录因子家族的后续研究具有一定的意义。
 

芥菜(Brassica juncea)；GRF；转录因子；生物信息学