许岳军¹ , 马玉申¹ , 董静宇¹ , 梁波¹ , 张英¹ , 汪娅梅¹ , 揭雨成^1,2 , 邢虎成^1,2

1 湖南农业大学, 苎麻研究所, 长沙, 410128; 2 湖南农业大学, 湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室, 长沙, 410128
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 27 篇   
收稿日期: 2019年05月07日    接受日期: 2019年06月19日    发表日期: 2020年07月15日

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为加快苎麻分子遗传学研究和分子标记辅助育种，本研究利用转录组测序技术开发苎麻 EST-SSR标记，筛选到 48 547 条 Unigene，覆盖 31 Mb 的片段长度，对所筛选到的 Unigene 进行 SSR 分析后，利用Primer 3.0 批量设计引物，随机挑选 1 214 对 EST-SSR 引物对表型性状差异较大的 8 份苎麻种质资源进行PCR 扩增及聚丙烯酰胺电泳检测，以期得到可利用的 EST-SSR 标记。结果发现，在 48 547 条 Unigene 中含有 SSR 的共有 13 770 条，共有 19 964 个 SSR 位点，平均每 2.43 条 EST 发现一个 SSR、每 1.55 kb 含有 1 个SSR。在 19 964 个 SSR 位点中，主要为单、二核苷酸，占总数的 83.6%，三核苷酸重复单元占 14.98%，其余核苷酸重复单元占比共为 1.42%；去掉单核苷酸重复单元，共设计 3 579 对 SSR 引物，从中随机选择 1 214 对EST-SSR 引物对 8 份苎麻种质进行 SSR 引物筛选及多态性分析。1 214 对引物中有 216 对引物表现出良好的多态性，占总引物的 17.79%；扩增条带数为 2~5；Shannon 指数为 0.233 8~1.461 5；PIC 值为 0.110 3~0.700 9。通过遗传相似性分析，上述 8 份种质遗传相似性系数为 0.669 0~0.859 5，在相似系数为 0.72 处可将 8 份种质分为 3 类。本研究开发的 EST-SSR 引物可为苎麻及其近源物种遗传多样性分析，遗传图谱构建及分子标记辅助育种等研究提供帮助。

苎麻(Boehmeria nivea)；转录组；EST-SSR