公培民 , 宁书菊 , 叶齐 , 于剑 , 赵璇璇 , 沈继伟 , 马小毛 , 蔡国倩 , 胡永乐 , 魏道智

1福建农林大学生命科学学院,福建省农业生态过程与安全监控重点实验室, 福州, 350002; 2 福建农林大学作物学院, 福建省高校作物生态与分子生理学重点实验室,福州, 350002; 3武夷学院生态与资源工程学院, 武夷山, 354300
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 25 篇   
收稿日期: 2019年04月28日    接受日期: 2019年05月30日    发表日期: 2020年06月22日

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本研究利用 Illumina HiSeqTM 2000 对马蓝转录组进行高通量测序，使用软件 MicroSAtellite (MISA) 分析转录组中的SSR位点信息。 通过组装马蓝转录组数据获得了 51 381条 Unigene，并对获得的Unigene进 行SSR检测，共检测到 8 471 个 SSR 位点，其分布在 6 782条 Unigene中，出现的频率为 16.49%。SSR中以 二核苷酸和三核苷酸重复类型为主，其中二核苷酸以重复单元 AT/TA为主，占 18.14%，其余类型的重复单 元相对较少。SSR所在序列功能注释结果显示在Nr 和SwissProt中分别有5 932和4 285条序列被注释，同 时SSR所在序列还被注释到 47个 GO分类， 25个 KOG分类和 29 个 KEGG代谢通路中。通过设计、筛选， 共获得 5 819对引物组合，随机挑选的 18 对引物中有 13对引物扩增出符合预期大小的条带。马蓝 SSR 出 现的频率高，重复种类丰富，为研究马蓝遗传多样性、基因定位和品质改良等提供了科学依据。

马蓝(Baphicacanthus cusia)；转录组；SSR