杨琳 , 瞿静涛 , 李晚忱 , 付凤玲 , 于好强 , 张君诚

1 三明学院,药用植物开放利用福建省高校工程研究中心,三明, 365000; 2 四川农业大学玉米研究所, 成都, 611130
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2019年04月15日    接受日期: 2019年05月16日

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植物密码子偏好性的研究在解析物种机体进化发展和引入外源基因方面都有重要意义。为研 究台湾金线莲(Anoectochilus roxburghii)和福建金线莲(Anoectochilus formosanus )密码子偏好性，本研究通 过高通量测序技术分别对两种金线莲转录组进行测序，构建全长转录本序列，利用 Swiss-Prot 及 KOG 数 据库对拼接后的转录本进行功能注释，并用自主编写的程序对转录本序列进行密码子识别，分析两个品 种金线莲转录组序列和密码子偏好性。结果表明，台湾金线莲和福建金线莲拼接获得 Unigene 为 116 423 和 130 024 条， 分别有 29 565 和 36 155 条 Unigene 序列被注释， Unigene 序列的相关系数为 0.98。台湾金 线莲高频密码子有 GAU 和 UGC，福建金线莲高频密码子有： AGA、 AAU、 GAU、 CAU、 UCU、 UAU；高频 密码子有 87.5%均以 A/U碱基结尾。因此，台湾金线莲和福建金线莲虽然 Unigene 基因的相关系数高， 但密码子偏好性存在差异，可为资源保护、品种及道地性鉴定提供基因组多样性信息。

台湾金线莲(Anoectochilus formosanus)；福建金线莲(Anoectochilus roxburghii)；转录组测序；密码子