陈露露 , 黄光元 , 张丹丹 , 夏志辉

海南大学热带作物学院,海南省热带生物资源可持续利用重点实验室,海口, 570228
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 19 篇   
收稿日期: 2019年04月03日    接受日期: 2019年05月06日    发表日期: 2019年08月05日

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为开发一种便捷的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)的检测方法，本研究以水 稻的 6 种 SNP 变异形式(A/T, A/G, A/C, T/G, T/C, G/C)为研究对象，在下游引物为共用引物的情况下，首先设计两条长度相差 20个核苷酸但3'末端分别与 SNP两个等位差异碱基配对的常规上游引物。另外我们还评估在两条上游引物3'端的第2位或第 3位碱基引入了错配碱基后观察对特异性的影响。结果表明，经 3%的琼脂糖凝胶电泳后，不等长引物等位特异性 PCR能区分不同的纯合子及杂合子，未引入错配碱基的引物只检测出 A/T， C/G变异类型的 SNP；而引物中引入错配碱基的等位 PCR 具有更高的检出效率，能检测出6种类型中的5种 SNP。因此，本研究开发了一种成本低、操作简单、准确度高的 SNP检测方法。

SNP；分子标记；不等长引物等位特异性PCR