仲雨晴 , 陈佳佳 *

苏州科技大学化学生物与材料工程学院, 苏州, 215009
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2019年03月08日    接受日期: 2019年03月15日    发表日期: 2020年05月25日

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microRNA (miRNA) 是一类长度约 19~24 nt 的非编码单链小 RNA，通过种子序列与靶基因的 3'-UTR 互补，降解靶基因或抑制其翻译，从而在转录后水平调控靶基因的表达。miRNA 广泛存在植物基因组中，参与调控生长发育、细胞维持和分化、信号转导以及逆境胁迫应答等多个生物过程。竞争性内源 RNA(ceRNA, competing endogenous RNA)是指具有相同 miRNA 反应元件(MRE, miRNA response element)的 RNA转录本，能够竞争性结合 miRNA，解除其对靶基因的抑制，进而形成复杂的 ceRNA 调控网络。随着深度测序技术和生物信息学方法在植物学研究领域的广泛应用，植物 ceRNA 的鉴定速度不断提高。然而由于 miRNA 与 ceRNA 结合模式尚不明确以及调控网络的复杂性，植物 ceRNA 的研究仍处于起步阶段，经实验证实的
ceRNA 调控关系数量有限。本综述就植物 ceRNA 的生物信息学预测、实验验证及研究进展进行了全面的阐述。首先，总结了基于 RNA-Seq 的 ceRNA 分析流程和常用生物信息学资源。其次，从 ceRNA 表达特征、调控关系和生物功能三个方面介绍了当前常用的实验验证技术。最后，对近年来植物 ceRNA 领域国内外的重要进展进行了概述，并展望了今后植物 ceRNA 的研究前景和拟解决的科学问题，以期为深入了解 ceRNA 在植物中的调控机制提供参考方法和理论依据。
 

竞争性内源 RNA；植物；生物信息学；基因调控；测序