吉林师范大学生命科学学院, 四平, 136000
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 15 篇
收稿日期: 2019年01月22日 接受日期: 2019年01月29日 发表日期: 2020年05月20日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 15 篇
收稿日期: 2019年01月22日 接受日期: 2019年01月29日 发表日期: 2020年05月20日
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摘 要
SQUAMOSA 启动子结合蛋白家族作为一种转录调控因子广泛存在于植物中,起着调节生长发育及多种生理生化反应。目前,其编码基因已从多种植物中分离鉴定,但是在作为单子叶 C4 模式生物的青狗尾草中却尚未研究。本研究基于生物信息学方法,从青狗尾草全基因组中鉴定出 17 个 SBP 基因,对这些基因的结构、理化性质、染色体定位以及共线性进行分析,并且探讨了这些基因在不同组织的表达情况,此外,还对 SBP 蛋白质的基序和系统进化进行了分析。结果表明 17 个 SBP 基因分布于 9 条染色体上,其中 SvSBP1 与 SvSBP9、SvSBP3 和 SvSBP12、SvSBP4 和 SvSBP14 具有线性同源性,共有 11 个基因包含 miR156 结合位点。这些基因编码的 SBP 蛋白表现出不同物种的某些 SBP 蛋白之间较同一物种的 SBP 蛋白的遗传关系更近,暗示这些 SBP 家族成员的基本特征早在单双子叶植物分化之前就已经形成。SvSBP2、SvSBP8、SvSBP13、SvSBP17 在所有组织中都有表达,SvSBP15、SvSBP16 在所有组织中都不表达外,其余基因均在不同组织中特异性表达,其中花序分生组织中表达的基因数最多,暗示这些基因可能在青狗尾草花的形成中扮演重要角色,并与胁迫响应和叶片的生长发育相关。本研究为进一步鉴定基因功能、阐明青狗尾草生长发育的分子机理提供基础性信息。
关键词
青狗尾草(Setaria viridis);SBP 家族;转录因子;生物信息学;表达分析