李国灵 , 陶文 , 高诗晨 , 靳燕 , 姚慧鹏^*

四川农业大学生命科学学院, 雅安, 625014
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 15 篇   
收稿日期: 2019年01月09日    接受日期: 2019年01月16日    发表日期: 2020年02月17日

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红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻 rbcL 基因密码子的偏爱性，确定该类基因的最优密码子，本研究通过使用 CodonW 1.4.4、CUSP 和 SPSS 20.0 软件对 20 条红藻 rbcL 基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析，最终获得了红藻 rbcL 基因三个位置的 GC 碱基含量、ENC 值和 RSCU值。结果显示，红藻 rbcL 基因 AT 碱基含量高于 GC 碱基，ENC 值为 41.89，说明红藻 rbcL 基因密码子偏爱于 A/T 碱基结尾。ENC 绘图分析，PR2-plot 分析和中性绘图分析表明自然选择是影响 rbcL 基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较，发现红藻 rbcL 基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了 UUU、UUA、AUU 等 18 个最优密码子，均偏向于以 A/U 碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和 rbcL 基因的表达研究具有重要意义。

红藻(Rhodophyta)；rbcL 基因；GC；密码子偏爱性