新疆农业大学农学院, 乌鲁木齐, 830052
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 6 篇
收稿日期: 2018年11月07日 接受日期: 2019年01月19日 发表日期: 2020年03月17日
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 6 篇
收稿日期: 2018年11月07日 接受日期: 2019年01月19日 发表日期: 2020年03月17日
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摘 要
TCP 蛋白是植物特有转录因子家族之一,参与植物的生长发育调节过程。本研究利用生物信息学方法,通过 PlantTFDB database、NCBI、CLUSTALX 2.0、GSDS 2.0、MEME 和 psRNATarget 数据库以及MEGA 5.0等软件,对鹰嘴豆 TCP 基因家族成员进行分子量、等电点、染色体定位、基因保守域、保守基序、microRNA 的靶位点和系统发育进化树的分析。研究表明:TCP 基因可被分为 Class玉 (PCF)和 Class域(CYC/TB1 和 CIN)两大类,在染色体上的分布较为均匀,具有较保守的螺旋 - 环 - 螺旋结构域(Helix loop helix domain, bHLH),含有 3 个 Motif 序列,其中每个家族成员共有的是 Motif2。microRNA 靶位点预测发现,TCP 基因的域类 CIN 亚家族中的 CarTCP2 和 CarTCP23 受 miR319 调控。以上结果简要概述了鹰嘴豆 TCP 基因家族的进化、基因结构及蛋白的生化特性,旨在为今后更好地揭示该基因在鹰嘴豆的生长发育和生理特性中的功能提供理论基础。
关键词
TCP 基因家族;鹰嘴豆(Cicer arietinum);生物信息学