叶兴状¹ , 杨先吉¹ , 王妙青¹ , 刘宝^1* , 范辉华 ² , 汤行昊 ² , 张国防¹ , 曾桂华¹ , 郑世群¹

1 福建农林大学林学院, 福州, 350002; 2 福建省林业科学研究院, 林业生物技术研究开发中心, 福州, 350012
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《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2018年11月08日    接受日期: 2018年11月15日    发表日期: 2020年05月18日

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分析半枫荷转录组中的 SSR 位点信息，并设计简单重复序列(SSR)引物，以期为半枫荷 EST-SSR分子标记提供有力工具。利用 MISA 工具筛选了半枫荷转录组测序获得的 77 629 条 Unigenes，对其 SSR 位点信息进行了分析；在此基础上利用 Primer 3.0 设计 SSR 引物，并随机选择 50 对 SSR 引物对 4 株不同来源的半枫荷进行多态性扩增分析。在半枫荷的转录组中，共找到 15 041 个 SSRs，分布于 10 669 条 Unigenes，SSR 位点发生频率为 13.74%，含多个位点的序列数为 3 114，占 SSRs 位点总数的 29.19%，以复合形式出现的位点数 2 044 个，占 SSRs 位点总数的 19.16%，SSRs 的平均距离是 3.2 kb。SSRs 位点中二碱基重复是主要类型，占总 SSRs 的 42.17%；其次是单碱基重复基序(38.25%) SSRs。所包含的重复基元中，单碱基重复基元A/T (5 572)，二碱基重复基元 AG/CT (4 845)是优势重复基元类型，分别占总 SSRs 的 37.05%、32.21%。利用Primer 3 共设计出 28 590 对 SSR 引物。随机选择 50 对引物进行 PCR 扩增，其中 44 对(88.0%)扩增出清晰、可重复的条带，15 对(34.1%)扩增条带表现出多态性。半枫荷转录组 SSR 位点出现频率高，类型丰富；大量的SSR 为其遗传多样性分析、分子标记辅助育种和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记。
 

半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)；转录组, SSR；位点信息