覃阳 , 全绍文 , 周丽 , 杨洁萍 , 牛建新^*

石河子大学农学院, 特色果蔬栽培生理与种质资源利用兵团重点实验室, 石河子, 832003
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 22 篇   
收稿日期: 2018年10月03日    接受日期: 2018年10月16日    发表日期: 2020年02月16日

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本研究通过高通量测序技术结合 MISA 软件分析核桃转录组中 SSR 的分布类型及特点。通过Primer 3 设计得到 426 对 SSR 引物，以来源于新疆林业科学院的 10 份核桃种质对随机合成的 10 对引物进行多态性筛选，并对核桃转录组数据进行了 SSR 位点搜索和分析，继而开发 SSR 标记。利用 MISA 软件在132 154 条 Unigenes 共检测出 63 400 个 SSR 位点，分布于 47 169 条 Unigene 中，出现频率为 47.97%，平均分布距离为 2.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸，分别占总 SSR 位点的 55.73%，34.48%和 8.63%。二核苷酸重复基元中以 AG/CT 为优势重复基元，占二核苷酸重复的64.77%，三核苷酸重复基元以 AAG/CTT 为主。 10 对引物进行多态性验证分析结果显示：8 对有效扩增引物中，7 对引物在 10 份不同核桃种质中表现出多态性。以上结果表明，核桃转录组测序产生的 Unigene 信息可作为开发 SSR 标记的有效来源。开发的大批量 SSR 标记可为核桃种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。

核桃(Juglans regia L.)；转录组；SSR 标记开发