李雪柔 , 丁健 , 阮成江 , 周译诠 , 杨伞伞

大连民族大学, 资源植物研究所, 生物技术与资源利用教育部重点实验室, 大连, 116600
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 33 篇   
收稿日期: 2018年08月03日    接受日期: 2018年09月11日    发表日期: 2019年08月15日

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刺五加是中国珍贵的药食两用植物，果实和根部富含多种生物活性成分。本研究基于刺五加果实、根、茎和叶的转录组测序数据，利用 Trinity 软件共组装 86 315 条 Unigene。利用 MISA 软件在所有 Unigene中共检测到 12 096 个 SSR 位点，分布于 10 333 条 Unigene 中。优势重复基序为单核苷酸，占总 SSR 位点数的 40.37%；其次为二核苷酸，占总 SSR 位点数的 35.79%；三核苷酸占总 SSR 位点数的 21.11%。AG/CT 是二核苷酸中最多的重复类型(17.96%)，三核苷酸重复类型以 AAG/CTT 为主(5.83%)。根据 Unigene 注释，挖掘到与刺五加品质(皂苷, SOD, 维生素, 糖, 酸, 脂肪酸等)相关功能基因序列，利用 Primer 3.0 软件设计了107 对目的基因 SSR 引物，以刺五加叶片的基因组 DNA 为模板对这些引物进行有效性验证，其中 56 对引物能扩增出清晰条带。开发的目的基因 SSR 标记为刺五加种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。

刺五加(Eleutherococcus senticosus)；RNA-seq；目的基因；SSR 分子标记