研究报告

玉米转录因子NY-YB基因家族的生物信息学分析  

徐志军1,2 , 刘洋1,2* , 徐磊1,2 , 安东升1,2
1 中国热带农业科学院湛江实验站, 湛江, 524013; 2 广东省旱作节水农业工程技术研发中心, 湛江, 524013
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 1 篇   
收稿日期: 2018年07月26日    接受日期: 2018年08月25日    发表日期: 2019年08月08日
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摘 要

为揭示玉米 NF-YB 基因家族的功能,本研究利用生物信息学手段,鉴定了玉米 NF-YB 基因家族,并系统的分析了该基因家族各蛋白的理化性质、基因的染色体定位、保守结构域、基因结构、系统进化、磷酸化位点、启动子和基因组织表达。结果表明:玉米基因组中含有 21 NF-YB 基因,所编码的蛋白质均位于细胞核,且不含有跨膜结构。这些基因不均匀地分布于玉米的 9 条染色体上,均含有高度保守的结构域CBFD_NFYB_HMF,系统进化分析将其分为 3 类。磷酸化位点分析表明,玉米 NF-YB 家族存在着大量的磷酸化位点。启动子分析表明,基因家族启动子区域均含有大量的逆境胁迫应答顺式作用元件。组织表达分析发现,至少有 18 个基因可以进行表达,其中有 5 个基因表现出组织特异性,不同基因在不同组织、不同时期的表达具有时序性。玉米 NF-YB 基因家族核心结构域的保守性、基因功能的分化、启动子序列中的大量逆境相关元件、基因表达的差异性,可能都是玉米更好调控自身生长发育和适应逆境的结果。研究结果为进一步解析玉米 NF-YB 基因家族的功能提供参考。
 

关键词
NF-YB 基因家族;理化性质;基因结构;启动子;表达分析
《分子植物育种》印刷版
• 第 17 卷
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