研究报告
楸树 EST-SSR 标记开发及种质资源的遗传多样性分析 
杨丹丹 1,2 
,
马玲玲 2 ,
李亚 2 ,
王良桂 1* 
,
王鹏 2*
,
马玲玲 2 ,
李亚 2 ,
王良桂 1* ,
王鹏 2*
作者 通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2020 年, 第 18卷, 第 24 篇
收稿日期: 2018年07月05日 接受日期: 2018年07月12日 发表日期: 2020年06月14日
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摘 要
利用转录组数据开发 SSR 标记是一种经济高效的 DNA 分子标记开发策略。本研究利用高通量测序技术开发楸树(Catalpa bungei) EST-SSR 标记，了解其在转录组序列中的分布类型，并利用 41 对多态性较好的引物对来自安徽(AH)、河南(HN)、湖北(HB)和山东(SD)的 4 个楸树居群的 48 个无性系的遗传多样性进行分析。结果表明：在大于 1 kb 的 14 634 条序列中，共鉴定出 3 999 个 SSR 位点，580 条序列包含 2 个及以上位点；单核苷酸重复(1 957, 48.94%)是最常见的 SSR 类型，其次是二核苷酸重复(1 164, 29.11%)，三核苷酸重复(834, 20.86%)，四核苷酸重复(41, 1.03%)和五核苷酸重复(3, 0.08%)；共扩增出 243 个等位基因，每个位点的等位基因数为 3~13 个，平均为 4.85 个，观测杂合度为 0.14~1.00，平均为 0.63，期望杂合度为 0.42~0.84，平均为 0.67，大部分位点偏离哈迪 - 温伯格平衡；AH 和 HN 居群在有效等位基因数和期望杂合度的数值较
高，表明其遗传多样性较丰富；分子方差分析(AMOVA)表明，遗传变异主要发生在居群内。本研究为楸树及同属其他树种种质资源鉴定、遗传多样性提供依据，且在指导楸树良种选育等方面具有重要的意义。
关键词
楸树(Catalpa bungei)；紫葳科；表达序列标记；群体遗传学；简单重复序列
