毛俐慧^1,2 , 刘建新^1,2* , 丁华侨^1,2 , 徐笑寒^1,2 , 田丹青^1,2

1 浙江省农科院花卉研究中心, 杭州, 311202; 2 浙江省萧山棉麻研究所, 杭州, 311202
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16卷, 第 26 篇   
收稿日期: 2018年03月19日    接受日期: 2018年04月12日    发表日期: 2019年01月17日

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为利用微卫星分子标记技术研究姜荷花品种的遗传多样性和分子调控机制，本研究以前期高通量测序结果为基础，用 MISA 软件发掘和分析了所获得的转录组数据的 SSR 位点，为后续研究提供重要的基础。获得的 19 902 个 SSR 位点存在于 15 891 条序列中。获得的 unigene 数为 64 471 条，共 132 833 884 bp，平均每 2.06 kb 出现一个 SSR，出现多个 SSR 的序列有 3 155 个。姜荷花‘清迈粉’转录组微卫星中存在 97 种重复基元，其中(A/T)n 占比例最高，约占 43.6％；其中单核苷酸和三核苷酸重复相对出现较多。大部分为长度在 20 bp 以下的短重复片段，20 bp 以上(包括 20 bp)的仅占总数的 23.19%，微卫星出现频率与片段长度呈负相关。设计了 50 对相对更有可能出现多态性的微卫星引物以供进一步研究使用。本研究为探索姜荷花各品种的遗传多样性和重要形状基因关联及定位提供了重要的基础数据，也为该属其他观赏物种的微卫星分子标记相关研究提供了理论依据。
 

姜荷花；全长转录组；微卫星；重复基元