李博^1* , 蔡恒奇^1* , 陈功海² , 胡倩文¹ , 张文英¹ , 徐延浩^1** , 田小海¹

1长江大学农学院, 主要粮食作物产业化湖北省协同创新中心, 荆州, 434025; 2荆州市农业科学院,荆州, 434000
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17卷, 第 21 篇   
收稿日期: 2018年03月16日    接受日期: 2018年04月17日    发表日期: 2019年01月29日

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为建立高通量 MSAP分析平台和比较不同酶切组合对甲基化敏感扩增多态性(MSAP)检测结果的影响。本研究对全自动毛细管电泳检测体系进行优化，在 12对带有相同选择性碱基的引物检测下，比较BstY玉/Hpa域-Msp玉和EcoR玉/Hpa域-Msp玉 (BstY玉/H-M 和 EcoR玉/H-M) 2 组内切酶组合对 16个水稻基因组 DNA甲基化水平和表观遗传多样性的影响。结果表明， 55 cm规格毛细管适用于全自动毛细管电泳仪进行 MSAP分析。在 16个水稻品种中， EcoR玉/H-M 组合检测到 16个水稻品种平均总甲基化率为 58.30%高于 BstYI/H-M 组合检测结果 (52.32%)； EcoR玉/H-M 组合平均半甲基化率为 31.32%高于平均全甲基化率27.95%；而 Bst玉/H-M 引物检测到 16个水稻品种平均半甲基化水平(23.72%)低于全甲基化水平(28.59%)；EcoR玉/H-M 引物组合共检测到 638个多态性位点，多态性位点率为 93.55%， Nei's基因多样性指数和 Shan-non信息指数分别为 0.55和 0.97均大于 BstY玉/H-M 组合检测结果，分别为 92.32%， 0.53和 0.94； Mantel检测结果显示， EcoR玉/H-M 组合得到的数据矩阵与 BstY玉/H-M 组合数据矩阵之间具有显著相关性，但 BstY玉/H-M 组合下不同预扩引物 BstY玉-T与BstY玉-C 数据之间没有相关性。本研究结果表明，较传统的单酶切组合 MSAP分析(仅仅 EcoR玉/H-M 酶切组合)，不同酶切组合以及不同预扩引物均会对 DNA甲基化检测带来结果的多样性，尝试不同的限制酶组合或者多引物组合，将不同差异结合起来可以更加全面的揭示水稻丰富的基因组 DNA甲基化多样性。

DNA甲基化；甲基化敏感扩增多态性；水稻；表观遗传多态性